Booth ed Aubrey stanno cercando di incastrare un burattinaio che ritengono essere il misterioso killer che trasforma i corpi delle sue vittime in marionette.La ricostruzione facciale dell'ultima vittima, tale Melissa Goodman, e la foggia degli abiti indossati dalla donna rivelano inquietanti somiglianze con Brennan. Quest'ultima, intanto, distrutta dal senso di colpa per non aver fermato prima l'assassino, ha continui incubi che stanno minando le sua salute psichica.