La squadra del Jeffersonian indaga su alcuni resti, ritrovati in un tronco d'albero. Nel frattempo, Wendell (Michael Grant Terry), tutt'ora in terapia, torna al lavoro. L'episodio si apre su un gruppo di poliziotti, torce alla mano e cani al guinzaglio che, di notte, cercano qualcuno tra i boschi. Si tratta di un evaso, come l'uniforme arancio ci fa intuire. Questi trova un nascondiglio, sperando di sfuggire alla cattura, ma, ben presto si avvede di qualcosa che finisce per spaventarlo più dei cani. Si tratta di resti umani. Booth e Brennan stanno discutendo dell'approccio all'esame di valutazione che Booth dovrà sostenere di lì a poco per il Bureau, quando arriva una telefonata: c'è una scena del crimine da repertare. Booth guarda con disgusto il cadavere, ricoperto di mosche e altri insetti. Il suo disgusto è pari all'entusiasmo di Hodgins che, grazie ai suoi "amici", stabilisce che il corpo è rimasto lì per circa quattro mesi. Al laboratorio sia Cam che Angela hanno non poche difficoltà nell'eseguire, rispettivamente, l'autopsia e la ricostruzione facciale. I resti sono davvero molto danneggiati. Tutti sono felicemente sorpresi dall'arrivo di Wendell. Cam teme che sia tornato al lavoro troppo presto, visto quello che sta passando e la chemio particolarmente aggressiva cui si sta sottoponendo, ma il ragazzo afferma che lavorare è una specie di vacanza rispetto alla terapia.