Salaam, affiliato ad Al Qaeda, catturato da McGarrett e, da dieci anni, detenuto a Guantanamo, rivela a Steve di essere a conoscenza di un imminente attentato terroristico che colpirà O'ahu. Non potendo avere altre informazioni, e con tutti i dubbi del caso da parte degli altri membri della squadra, si apre l'indagine. All'inizio sembra essere coinvolto un docente universitario di origine araba, il quale lascia nel suo computer un video dove rivendica l'attentato che sta per avvenire... Nel frattempo, mentre Chin riceve una più che allettante offerta, dirigere una task force a San Francisco, Kono e Adam aiutano Gerard Hirsch (guest star Willie Garson, "Sex & The City", "White Collar") a espandere la sua nuova attività di pulizia delle scene del crimine.