Un gruppo di terroristi noto come "Omnus" sta preparando un micidiale attentato. In un'intercettazione, La Fenice scopre che hanno offerto dieci milioni di dollari per assassinare qualcuno che loro chiamano "L'Architetto". L'assassino ingaggiato per ucciderlo, è Murdoc: MacGyver lo incontra in carcere dove è rinchiuso e si fa dare delle "lezioni criminali"...