Sarah Adler (Amy Acker), la donna di cui Jack è sempre stato innamorato, è stata arrestata in Venezuela perché accusata di essere una spia americana. Era soto copertura come giornalista e stava cercando informazioni per fermare un pericoloso trafficante di armi. Il Governo degli Stati Uniti deve farsi da parte per non far saltare la sua copertura e chiede alla Fondazione Fenice di salvarla. Nel frattempo, MacGyver continua ad andare nell'appartamento di Nikki per cercare qualche indizio che possa condurlo alla donna...