Il Capitano di Corvetta Meredith Brooks viene trovata morta nella sua camera d'hotel dal night manager Frank Howell, con il quale aveva fatto sesso subito prima di morire e che diventa, pertanto, il sospettato numero uno dell'NCIS. Sam, nonostante la diffidenza di Jesse, coordina le indagini sul campo mentre Lucy (Yasmine Al-Bustami) e Kate vanno sotto copertura e ben presto scoprono che nella faccenda è coinvolto un cartello della droga messicano...