Tennant viene trovata in una camera d’albergo accanto al cadavere di Oliver Price, un ex-agente dell’MI6, con il quale aveva appuntamento. Così, viene messa sotto indagine e all’NCIS arriva l’agente supervisore John Swift (la guest star Henry Ian Cusick, il Desmond di "Lost"), un cane mastino dei Progetti Speciali, inviato a controllare la squadra. Intanto, Jane si comporta in maniera strana e tiene la squadra all’oscuro delle sue mosse. I nostri scoprono che è andata in Colorado a trovare Maggie Shaw, ora detenuta per tradimento...