La sottufficiale Heather Cobb viene uccisa davanti agli occhi del nipote Dustin (Zailand Adams). Dalle indagini dell'NCIS emerge che la donna aveva scoperto la presenza di sostanze tossiche nel cantiere adiacente a un'accademia di musica e che, per questo, molti studenti soffrivano di malattie respiratorie. Nel frattempo, Percy viene finalmente a sapere del figlio di LaSalle, Gregorio dice a Dwayne che sta valutando l'idea di lasciare la squadra e Sebastian confessa di voler dare un contributo maggiore. E' tempo di lasciare il laboratorio...