Danny e Baez lavorano sul caso di un detective cui hanno sparato. Tutto sembra far risalire al criminale contro il quale l'agente doveva testimoniare in tribunale, ma il suo braccio destro, quello che esegue gli ordini, ha un alibi di ferro. Nel frattempo, mentre Garrett viene arrestato dagli SWAT fuori dalla sua casa e Frank decide di vederci chiaro, Jimmy, una vecchia conoscenza di Anthony, offre a Erin la possibilità di incastrare il figlio di Tornassi, noto criminale cui Erin dava caccia da tempo, per un giro di auto rubate.