Dopo la morte di Sweets la lotta contro la cospirazione si fa piu' cupa e piu' serrata. L'autopsia rivela che Sweets e' stato ucciso con una pugnalata nel cuore da una persona ben addestrata. Booth e Aubrey trovano l'assassino sul tetto di un edificio vicino al luogo dell'omicidio, ucciso a sua volta. Si tratta di Kenneth Emory, agente dell'FBI. La cospirazione appare tentacolare. Le indagini porterebbero a Hugo Sanderson, l'industriale conosciuto nella precedente puntata, ma una scoperta di Clark e di Brennan consente di arrivare al vero responsabile, il capo occulto, il volto della cospirazione. Che naturalmente e' un personaggio dall'apparenza mite e del tutto insospettabile.Il lavoro, pero', non e' ancora finito. Occorre ritrovare i dossier che hanno permesso alla cospirazione di crescere e proliferare, e che mantengono intatto il potere coercitivo del suo capo, anche se smascherato.Booth e Brennan ci riusciranno adottando il metodo di indagine psicologica di Sweets.Risolto del tutto il caso, la squadra da' l'addio all'amico scomparso.