La squadra indaga sulla morte di una donna il cui corpo è stato rinvenuto da due operatori ecologici in condizioni agghiaccianti in un cassonetto di rifiuti. Analizzando i resti Bones determina che si tratta di una donna sulla ventina. Hodgins deduce dallo stato delle larve che la morte deve essere avvenuta circa 36 ore prima. In laboratorio, Camille, in seguito all'autopsia, dichiara che la poverettà è stata eviscerata e scannata quando era ancora viva. Angela riesce a ricostruire il volto e a darle un nome: si tratta di Jessica, una ragazza dalla doppia vita. I sospetti si concentrano su un dottore che colleziona oggetti e strumenti chirurgici dell'epoca di Jack lo squartatore. Nel frattempo il povero Sweets, al momento, dorme sul divano del suo ufficio. Quando lo vede Booth, seppur riluttante, gli offre di trasferirsi da lui e Brennan per qualche giorno. Fino a quando non si rimetterà in sesto, ma la convivenza si rivela più difficile del previsto!