Si avvicina il finale di stagione e torna alla ribalta il "killer fantasma". Tutto ha inizio quando una famiglia, in campeggio, si imbatte in uno scheletro (caduto da un albero). Cam e Clark non ci mettono molto a indiviruare preoccupanti somiglianze con il misterioso caso del "killer fantasma". Cam sembra fermamente decisa e impedire a Brennan di analizzare la scena del crimine, temendo che l'antropologa, emotivamente coinvolta, giunga a conclusioni affrettate. Ma tenere Bones lontana dal caso si rivelerà praticamente impossibile. In laboratorio, Temperance nota un particolare genetico che si ricollega a uno degli omicidi irrisolti, quello di Trent McNamara, il che porta a identificare la vittima: si tratta di Stephanie McNamara, la sorella di Trent. Stark (Sterling Macer Jr.), vice direttore dll'F.B.I., fa particolari pressioni su Booth, affinché le indagini vengano chiuse al più presto. La famiglia McNamara, infatti, è particolarmente influente nell'area di DC e il Boureau non può permettersi errori.