Un giovane ubriaco trova un cadavere in pessime condizioni e sta per chiamare il 911 quando qualcuno lo colpisce con un badile e fugge. Il cadavere viene identificato come appartenente a Graham Roberts, agente speciale al servizio del Presidente. La squadra interviene, ma Booth viene invitato ad astenersi dalle indagini a seguito della sua parentela con il killer di Abramo Lincoln. Cosi' a Aubrey viene affiancata l'agente Patel.Nel frattempo Bones e' a casa malata e accetta di farsi aiutare dal guaritore reiki di Angela.