Un agente immobiliare sta mostrando un appezzamento a una giovane coppia quando, da una pozza d'acqua nel terreno, sbuca fuori un teschio. In men che non si dica la vendita va in fumo e la squadra del Jeffersonian viene chiamata in causa. Esaminando i resti, Brennan, Hodgins e Cam si trovano di fronte a un particolare decisamente inusuale: i ritrovamenti, infatti, indicherebbero tre momenti del decesso differenti: 3 ore, 3 giorni e 14 giorni. Come è possibile? Booth arriva sul posto in ritardo. Il vice direttore dell'FBI, infatti, sembra davvero averlo messo sotto torchio. Deve riesaminare i casi di parecchi suoi colleghi. Promozione in vista? La squadra riesce a identificare la vittima, si tratta di Madeline Pappadelos. La donna, divorziata, era la madre di una ragazza prematuramente morta perché affetta da fibrosi cistica. Booth decide di interrogare Ethan, il marito di Madeline. La donna, infatti, aveva chiesto un ordine restrittivo nei suoi confronti. Perché? Ethan sembra genuinamente sconvolto dalla notizia della morte di Madeline e sostiene che sebbene i loro rapporti fossero tesi, a causa di differenti opinioni sul trattamento cui sottoporre la figlia, lui non ha certo ucciso la moglie. E allora chi è il colpevole? Guest star della puntata Shohreh Aghdashloo ("La casa di sabbia e nebbia", pellicola per cui ha ottenuto nel 2004 una nomination agli Oscar, "La casa sul lago del tempo") che interpreta la madre di Arastoo.