Una bambina di 12 anni scompare da casa. L'F.B.I. viene immediatamente contattata. Beckett viene chiamata in appoggio all'agente incaricato delle indagini che, guarda caso, è il suo ex fidanzato. I due cercano di mettere da parte le divergenze personali e di concentrarsi unicamente sulla sparizione della piccola. L'ingresso sulla scena di Castle complicherà una situazione già scoppiettante...