A quanto pare Sarah e Chuck sono stati messi in panchina. Ora c’è un’altra squadra che sembra aver preso il loro posto: la nuova squadra di Casey, anche loro in possesso di un Intersect. Ma Chuck e Sarah sono determinate a far vedere al Generale che sono ancora loro la squadra A. Partono tutti per una missione in Georgia e Chuck dimostra di essere lui l’unico vero Intersect originale.