Il professor Fleming (Scott Alan Smith), ex docente di Chuck (Zachary Levi) alla Stanford University, nonché agente della CIA sotto copertura, copia delle informazioni riservate su un cd, ed è costretto a fuggire da chi vuole impadronirsene. Chuck è l’unico in grado di ritrovare il cd, ma per farlo dovrà tornare alla Stanford e affrontare il suo passato. Durante l’indagine Chuck scopre che Bryce, il suo ex compagno di camera, lo aveva tradito facendolo espellere dall’università soltanto per salvarlo dal reclutamento nella CIA, e che quindi era un vero amico...