Il gigantesco Mr. Colt cerca di impadronirsi del cifrario, il cervello artificiale per il nuovo computer intersect, ma Chuck riesce ad impedirglielo e viene informato che appena sarà pronto il nuovo intersect lui sarà libero di vivere la propria vita, ma in realtà casey è stato incaricato di eliminarlo. Mentre Chuck annusa “il profumo della libertà”, e comincia a credere ad una possibile svolta nel suo rapporto con Sarah, Morgan escogita un metodo tutto suo per selezionare il nuovo vice-direttore del By-More...