Finale di stagione. Alla base sotterranea CODEX, Mac (Lucas Till) incontra Leland, il capo di Gwen. Mac e Riley ricevono un incarico di trasporto e, sebbene siano tenuti all'oscuro dei piani del gruppo, Mac deduce che abbiano una sorta di dispositivo nucleare. Lungo la strada, vengono affrontati da Russ (Henry Ian Cusick) e Desi che li minacciano con una pistola. Mac riesce a convincerli ad essere ancora dalla loro parte, ma l'incontro viene ripreso da una telecamera del CODEX.