Il generale del Dipartimento della Difesa John Acosta recluta MacGyver per rubare un progetto altamente riservato da un laboratorio militare, al fine di trovare le falle nella sua sicurezza. Tuttavia, quando si scopre che il generale sta pianificando un attacco utilizzando l'arma, la squadra deve fermare Acosta prima che l'arma venga caricata. Come se non bastasse dovranno anche salvare la figlia e il nipote del generale che sono stati rapiti.