MacGyver e la squadra devono intervenite a bordo di un aereo privato in cui il pilota, che vola con il figlio piccolo, ha avuto un attacco di cuore. Mac e Desi salgono a bordo dell'aereo a metà volo e scoprono che l'emergenza medica era intenzionale. Durante il salvataggio, Russ e Matty sono in disaccordo su chi abbia l'autorità finale per prendere decisioni critiche durante un'operazione attiva. Russ, in seguito, concorda che Matty è più qualificato per farlo.