Il team indaga sulla morte di un ufficiale medico di stanza sulla USS Borealis. Purtroppo la scena del crimine è stata contaminata da una massiccia tempesta che ha spazzato via tutte le prove... Quando il fisico navale Comandante Brian Haber viene trovato assassinato sulla USS Borealis durante una tempesta intensa, Gibbs avvicina l'ammiraglio della nave per trovare una risposta. Rimane scioccato quando scopre che l'uomo è il padre di Mcgee. Essendo l'ammiraglio Mcgee restio a rispondere, Ziva e l'agente Burley interrogano un altro testimone che rivela che Haber stava per fornire informazioni su un altro membro dell'equipaggio riguardo l'uso illecito di droga. Interrogano anche un sottufficiale sulla storia dell'abuso di stupefacenti, ma sono perplessi: le sua mani tremanti non avrebbero mai mirato in modo preciso la carotide di Haber. Dopo aver recuperato il video di sorveglianza di quella notte, scoprono che il sottufficiale Graves ha rimosso dei dati dal computer di Haber e così rintracciano Graves. Sospettano che egli stia coprendo qualcun altro. Intanto anche il presentimento che uno dei pazienti di Haber lo avesse preso di mira, la squadra rintraccia il tablet che usava per tenere le schede dei pazienti e nota che l'ultimo nome sulla lista non appare nel registro...