L’omicidio di un tenente della Marina che aveva pubblicamente sostenuto di aver visto un oggetto non identificato in cielo, destabilizza la squadra, che effettivamente si ritrova ad indagare su un caso che solleva parecchi punti di domanda. Si verificano dei fenomeni così strani da far davvero pensare che gli alieni possano esistere. Nel frattempo McGee deve far fronte ad una strana richiesta da parte di Delilah...