Le ombre del passato travolgono il presente della squadra di Gibbs, dopo che una bambina viene ritrovata in un magazzino. La piccola viveva rinchiusa in un seminterrato insieme alla madre, prigioniera di due uomini. E sua madre, che tramite un ingegnoso stratagemma è riuscita a farla scappare, risulta essere Morgan Burke, una recluta della Marina che tutti credevano morta dieci anni prima. Bishop prende a cuore il caso e scopre che Ziva David (Cote de Pablo) aveva indagato sulla morte di Morgan in veste non ufficiale...