Finale di stagione. Si conclude la dodicesima stagione della serie. Questa sarà l'ultima puntata in cui vedremo Barrett Foa e Renée Felice Smith, rispettivamente interpreti di Eric Beale e Nell Jones. Entrambi gli attori, infatti, non torneranno nella tredicesima, già confermata dal network CBS. Deeks (Eric Christian Olsen) viene rapito da un certo Igor, il quale gli rivela che Kirkin gli ha lasciato in eredità tutti i suoi affari e lo ha eletto capo della sua banda criminale. Cosa deciderà di fare Deeks? Nel frattempo, il ritrovamento di un delfino morto sulla spiaggia con un dispositivo elettronico riconducibile alla Marina russa, allerta la squadra che inizia a indagare. Infine, mentre Fatima si confida con Rountree in merito a un episodio della sua vita passata, Nell si trova ad un bivio: accettare di restare all'NCIS o partire con Eric per una nuova avventura?