Mentre l'N.C.I.S. si muove sulle tracce di Paul LeMere (Jason Wiles), il serial killer noto sotto la falsa identità di Tom Samuels, per proteggere Gibbs, Vance decide di tenere una conferenza stampa e farlo credere morto nell'espolosione della barca. Questo dà a Gibbs più facilità di manovra mentre affianca la squadra nelle ricerche. McGee (Sean Murray), Torres e Knight scoprono che il killer è sempre seguito da un uomo misterioso. Credono di avere in mano una svolta, ma fanno un buco nell'acqua: l'uomo misterioso, infatti, è l'agente dell'FBI Alden Parker (interpretato da Gary Cole) che sta a sua volta indagando su LeMere...