Alex, con l'aiuto di Sebastian e degli altri, cerca di trovare e rendere innocuo l'agente biologico che i terroristi minacciano di rilasciare su New York. Ma il gruppo si ritrova ben presto in pericolo. Nel frattempo, i piani alti informano Miranda e Shelby dell'intenzione di attaccare 28 Liberty Street, dove i terroristi tengono gli ostaggi. Nel passato, le reclute ottengono il permesso di festeggiare il Ringraziamento fuori dalla Farm, ma a una condizione: prima dovranno studiare una copertura che possa tenere al sicuro i loro cari.