Sima (Nazneen Contractor, "Covert Affairs"), un’affascinante e avvenente spia straniera, fa innamorare di sè un analista della divisione di Los Angeles della CIA, convincendolo a rubare dai laboratori dell’agenzia delle pericolose sostanze chimiche col pretesto di dover creare dei pesticidi da dare agli agricoltori yemeniti per salvare i raccolti. Quando la Divisione Affari Interni lo scopre, contatta immediatamente la squadra Scorpion affinché scopra l'identità della talpa. Nel frattempo, Paige si trova ad affrontare i suoi sentimenti per Walter.