Episodio conclusivo della stagione. Finalmente la verità. Kamali è vivo ed è proprio lui il grande burattinaio dietro a tutto. Al-Zuhari è stato ucciso per mano degli Israeliani circa sei mesi prima. Ora Kamali è pronto a rilasciare il virus e a reclamare la vendetta per la morte della moglie. L'ala di un ospedale è la prima a essere colpita e Martinez, insieme ad altri, viene infettata. Nel frattempo, Kamali ha dirottato un aereo ed è intenzionato a raggiungere Berlino per rilasciare il virus e contagiare l'intera città. Per cercare di fermarlo Locke fa un accordo con Ulyanov, ma, come prevedibile, la situazione ben presto sfugge di mano mettendo Stonebridge e Scott di fronte ad ardue decisioni.