Un ragazzo affetto da autismo deve sottoporsi a un delicato intervento chirurgico. I suoi genitori, però, si oppongono alla presenza di Shaun in sala operatoria. Per la prima volta sarà il dottor Melendez a difendere il giovane chirurgo, esaltandone le eccezionali qualità. Nel frattempo, Claire, su direttive di Glassman, continua a seguire la terapia per superare il suo senso di colpa, mentre Jared si occupa di un uomo di 73 anni con forti dolori al petto. Il paziente necessita urgentemente di un pacemaker, ma rifiuta l'intervento: vuole morire...